Historie mlýna sahá až do 16. stolení, kdy podle dochovaných záznamů zde stávala soukenická valcha, která byla později přestavěna na mlýn.

Do roku 1928 byl mlýn majetkem rodiny Weberů a byl poháněn vodním kolem. V tomto roce se stal novým majitelem Karel Pekárek, který sám pocházel z mlynářské rodiny.

Rodina Pekárkova vlastnila také mlýn v Cejli u Jihlavy, ten byl založen již ve 14. století a současně provozovala mlýn v Jihlavě, dodnes je po něm pojmenována Mlýnská ulice.

Mlýn v Rantířově byl postupně modernizován, vodní kolo bylo nahrazeno dvěma turbínami typu Reiffenstein a mlýn úspěšně prosperoval. Po komunistickém převratu v roce 1948 byl mlýn postupně likvidován, technologie demontována až došlo k totální devastaci celého objektu včetně vodního díla.

V roce 1991 byl zchátralý mlýn v restituci vrácen rodině Pekárků. V průběhu dvou let byla provedena rozsáhlá a nákladná rekonstrukce, spolu s obnovením vodního díla, které bylo osazeno Kaplanovou turbínou o výkonu 90 kW.

V roce 1993 byla obnovena mlynářská výroba pomocí technologie Prokop Pardubice a současně zahájen provoz spolu s výrobou vlastní elektrické energie.

V současné době je kapacita mlýna 30 t semletého obilí za 24 hodin. Linka je universální pro mletí pšenice i žita a při výrobě je kladen velký důraz na nepřetržitou kontrolu kvality.